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KazusaAPI開発日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2008-04-04

次世代シーケンサ用アセンブラ Velvet を Solaris でコンパイルする

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Velvet は、サンガ研究所Daniel ZerbinoEwan Birney らによって開発されている、Solexa や 454 などの短いリード配列のための de novo ゲノムアセンブラです。Velvet は主に 64bit Linux 向けに開発されているので、配布物(0.5.05)をそのまま Solaris 10 ではコンパイルできませんでした。ゲノムアセンブラは、16GB 以上といった大量のメモリを要求するので、Solaris マシンでうごかせると良い場合が割とあるとおもいます。作者が、Solaris 版の開発も進めているということなので、Solaris 版のテスターとして手をあげてみた。

screenshot

(中略)

というようないきさつで、Velvet 0.5.06 は Solaris 10 マシンコンパイルできました。ありがとう Daniel さん。ついでに、Mac OS X 10.5 でもコンパイルできました。メモリが足りないので動かしてはいません。

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