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2007-04-04

BioMart をダウンロード

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BioMart 0.5 Documentation に従って martj と biomart-perl を checkout 。

% mkdir biomart
% cd biomart 
% cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login
% cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart co -r release-0_5 martj
% cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart co -r release-0_5 biomart-perl

martj をコンパイル。あっけなく完了。

% uname -mrs 
Darwin 8.9.1 i386
% ant jar
...
        BUILD SUCCESSFUL
Total time: 14 seconds

biomart-perl のインストール。

依存しているモジュールをインストールする。依存モジュールはBioMart 0.5 Documentation の1.4.1 にリストされている。

% sudo port install p5-xml-dom
% sudo port install p5-ole-storage_lite
% sudo port install p5-exception-class
% sudo port install p5-libwww-perl
% sudo port install p5-log-log4perl 
% sudo port install p5-test-exception
% sudo port install p5-dbd-mysql
% sudo port install p5-dbi 
% sudo port install p5-number-format
% sudo port install p5-template-toolkit
% sudo port install p5-cgi-session  

% sudo port install p5-list-moreutils
% sudo port install p5-spreadsheet-writeexcel
% sudo port install p5-io-compress-zlib

Readonly だけ Mac Ports になかったので CPAN から取得する。

screenshot

良い機会なので MacPorts の形でインストールしてみる。g:kdri:id:nakao_mitsuteru:20070404:making_of_macport_p5_readonly

必要な apache のモジュール

Mac OS X の標準の httpd を利用する。mod_gzip 入ってないがオプショナルなのでパス、mod_perlは入っていた。

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