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2009-01-31Gendoo

CyanoBase の GeneView に Gendoo へのリンクを追加

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仲里さんの Gendoo - Gene, Disease Features Ontology-based Overview Systemかずさアノテーション の GeneIndexing データをつかって、光合成細菌 Synechocystis sp. PCC 6803 とミヤコグサ Lotus japonicas のデータが登録されているとのことなので、新型 CyanoBase からリンクをはってみました。

f:id:nakao_mitsuteru:20090201002347j:image

CyanoBaseGeneView の External links セクションに追加しました。Gene Annotations セクションのほうが適切かもしれません。これは今後の検討課題です。

Gendoo は遺伝子とその遺伝子を言及している論文の関係と、文献と MeSH の関係から、遺伝子と MeSH の関係をたどることができます。リンクした先のページには、その遺伝子に関係深い MeSH タームが関連順にならんでいます。それぞれの MeSH タームには、その MeSH タームに関連した遺伝子のページへのリンクがあります。

Gendoo への遺伝子を指定したリンクは、遺伝子シンボルやIDと生物種名を CGI のアトリビュートに指定してURLをつくります。

http://gendoo.dbcls.jp/pre/cgi-bin/gendoo.cgi?geneid=slr1311&taxonomy=synecho

今風に、

http://gendoo.dbcls.jp/entry/synecho/slr1311

のようにアクセスできると、短くて良いかもしれません。

また、遺伝子、統計量やスコアを計算する前の MeSH タームセットを見てみたいですね。

Gendoo の論文はこちら、BioCompass: a novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes. - PubMed - NCBI

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