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2008-02-05

gbrowse-netinstall.pl で gbrowse をインストールする

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gbrowse-netinstall.pl はいろいろ依存関係が面倒なインストール作業をうまくやってくれるスクリプト。-d オプションをつけると、bioperlgbrowse の dev バージョンを使ってくれる。

インストール先の OSMac OS X 10.5、perlMacPorts デインストールした 5.8.8 。ここで紹介する方法で gbrowse のインストールを行うと、/opt/local 以下に MacPorts 管理外のファイルが大量に作成されるので、注意が必要。

ネットインストーラーの実行

$ sudo perl gbrowse-netinstall.pl -d

Archive/Zip.pm などが無いというエラーが出た場合は、別途インストールする。

sudo port install p5-archive-zip

ネットインストーラーがいくつかの入力を要求する。bioperl annonymous CVS レポジトリのパスワードは cvs。指示にしたがって BioPerl とその依存パッケージを適当にインストールする。BioPerl のテストはむやみにハマるかもしれないので、とりあえずスキップ。gmod anonymous CVS レポジトリのパスワードはリターンだけ。パスワードの入力を失敗すると、ネットインストーラーがこけるので、そのときはやり直す。

インストールが終わると、

#############################################################################
GBrowse is now installed.  Read INSTALL for further setup instructions.
Go to http://localhost/gbrowse for the online tutorial and reference manual.
#############################################################################

と表示される。ついで、http://localhost/gbrowse を開くと gbrowse のページが表示される。インストールされたのは Generic genome browser バージョン 1.69 とフッタに表示されるはず。

dev 版の gbrowse だと、ポップアップバルーン機能やトラックのその場での開閉機能がついていてステキ。

screenshot screenshot


conf を見てみる

gbrowse 1.69 は、ポップアップバルーン機能やドラッグ・アンド・ドロップによるトラックの順序替え、領域選択(ゴムバンド選択)やリセンター機能などのステキな機能拡張があるので、その conf での設定方法を見てみる。


トラック画像の開閉

特に設定はありませんでした。gbrowse 1.69 では既定の機能のよう。


ポップアップバルーン

Gene トラックには、ホバー時とクリック時にそれぞれ別のバルーン表示を設定。ホバー時は規定値、クリック時はbaloon click の値にある外部コンテンツ(wikipedia検索と google検索)へのリンクページ。

[Genes]
feature      = gene:sgdglyph        = generic
bgcolor      = yellow
forwardcolor = yellow
reversecolor = turquoise
strand_arrow = 1
height       = 6
description  = 1
balloon click   =
      [balloon375]
      <table>
      <tr><td rowspan="4"><img src='http://genetics.mgh.harvard.edu/hartweb/elwormo.jpeg'/></td></tr>
      <tr><th bgcolor=&quot;cyan&quot>Gene $name</th><th width=5%></th></tr>
      <tr align='left'><th colspan=2><a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Special:Search?search=$name">Ask Wikipedia about $name</a><
/th></tr>
      <tr align='left'><th colspan=2><a href="http://www.google.com/search?q=$name">Ask Google about $name</a></th></tr>
      </table>
key          = Named gene

ORF には、ホバー時とクリック時にそれぞれ別のバルーン表示を設定。ホバー時は gbrowse_details の限定した表示、クリック時は gbrowse_details の塩基配列表示。

[ORFs]
feature       = ORF:sgd
glyph         = arrow
#fgcolor       = blue
fgcolor       = sub {
        my $feature = shift;
        return $feature->strand > 0 ? 'red' : 'orange';
        }
linewidth = 2
description   = 1
citation      = This is an open reading frame.
key           = ORF
# pop-up balloons
# Note1: the 'url:' prefix is for AJAX
# Note2: a bare URL will be wrapped in an iframe (non-AJAX).  Use for larger or cross-domain content
# Note3: it may be necessary to edit the URLs if you have installed gbrowse in a non-standard location
balloon hover  = [balloon375] url:/cgi-bin/gbrowse_details/yeast_chr1?name=$name;class=$class;remote=intro
balloon click  = /cgi-bin/gbrowse_details/yeast_chr1?name=$name;class=$class;remote=full_sequence
# balloon height option only applies to iframes
balloon height = 275

CDS には google検索結果をポップアップの設定

[CDS]
feature      = ORF:sgd
glyph        = cds
description  = 0
height       = 26
# we need this because the yeast GFF file does not define the phase
allow_empty_phase = 1
sixframe     = 1
label        = CDS frame
key          = CDS
balloon sticky = 1
balloon hover  =  sub {
                   my $feature = shift;
                   my $name = $feature->name;
                   return "http://www.google.com/search?q=$name"
        }
citation     = This track shows CDS reading frames.

balloon375 は popup balloon の設定にある

# popup balloon configuration
# 'balloon' is the default
custom balloons = [balloon]
                  images    = /gbrowse/images/balloons

                  [balloon375]
                  images    = /gbrowse/images/balloons
                  maxWidth  = 375
                  delayTime = 200

バルーン機能の利用設定

# advanced features
balloon tips    = 1
drag and drop = 1

トラックのドラッグ・アンド・ドロップ

トラックの左側にトラックごとに名前がついて、それがトラック順の入れ替えのドラッグ・アンド・ドロップのハンドルになっている。

ドラッグ・アンド・ドロップ機能の利用設定

# advanced features
balloon tips    = 1
drag and drop = 1

ゴムバンド選択

ゴムバンド選択というマウスで操作できる可変長領域選択機能。選択した領域に対して、(1)ズームイン、(2)リセンター、(3)FASTA形式での配列ダンプ、(4)USCS BLAT 検索、(5)NCBI BLAST 検索が行える。

ゴムバンド選択の設定。表示の中身。

# Advanced feature: an example of a customized popup mentu for rubber band selection
[DETAIL SELECT MENU]
width = 250
html  = <table style="width:100%">
         <tr>
           <th style="background:lightgrey;cell-padding:5">
             SELECTION
             <span style="right:0px;position:absolute;color:blue;cursor:pointer"
                   onclick="SelectArea.prototype.cancelRubber()">
               [X]
             </span>
           </th>
         </tr>
         <tr>
           <td>
             <span style="color:blue;cursor:pointer" onclick="SelectArea.prototype.clearAndSubmit()">
              Zoom in
             </span>
           </td>
         </tr>
         <tr>
           <td>
             <span style="color:blue;cursor:pointer" onclick="SelectArea.prototype.clearAndRecenter()">
               Recenter on this region
             </span>
           </td>
         </tr>
         <tr>
           <td onmouseup="SelectArea.prototype.cancelRubber()">
             <a href="?plugin=FastaDumper;plugin_action=Go;name=SELECTION" target="_new">
              Dump selection as FASTA
             </a>
           </td>
         </tr>
         <tr>
           <td onmouseup="SelectArea.prototype.cancelRubber()">
             <a href="?name=SELECTION;plugin=Submitter;plugin_do=Go;Submitter.target=UCSC_BLAT" target="_new">
               Submit selection to UCSC BLAT
             </a>
           </td>
         </tr>
         <tr>
           <td onmouseup="SelectArea.prototype.cancelRubber()">
             <a href="?name=SELECTION;plugin=Submitter;plugin_do=Go;Submitter.target=NCBI_BLAST" target="_new">
               Submit selection to NCBI BLAST
             </a>
           </td>
         </tr>
       </table>

このうち、BLAT検索とBLAST検索は Submitterプラグインを利用している。

プラグインの利用設定

plugins = BatchDumper FastaDumper RestrictionAnnotator FilterTest Submitter

Submitter プラグインの設定

# Configuration for submitter plugin (used in above menu)
[Submitter:plugin]
submitter = [UCSC_BLAT]
            url        = http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
            seq_label  = userSeq
            output     = hyperlink
            type       = DNA
            extra_html = Genome:
                         <SELECT name=org>
                         <OPTION SELECTED VALUE="Human">Human</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Chimp">Chimp</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Rhesus">Rhesus</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Mouse">Mouse</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Mouse">Mouse</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Rat">Rat</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Cat">Cat</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Dog">Dog</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Horse">Horse</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Cow">Cow</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Opossum">Opossum</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Platypus">Platypus</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Chicken">Chicken</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Lizard">Lizard</OPTION>
                         <OPTION VALUE="X. tropicalis">X. tropicalis</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Zebrafish">Zebrafish</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Tetraodon">Tetraodon</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Fugu">Fugu</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Stickleback">Stickleback</OPTION>
                         <OPTION VALUE="Medaka">Medaka</OPTION>
                         <OPTION VALUE="C. intestinalis">C. intestinalis</OPTION>
                         <OPTION VALUE="S. purpuratus">S. purpuratus</OPTION>
                         <OPTION VALUE="C. elegans">C. elegans</OPTION>
                         <OPTION VALUE="C. brenneri">C. brenneri</OPTION>
                         <OPTION VALUE="C. briggsae">C. briggsae</OPTION>
                         <OPTION VALUE="C. remanei">C. remanei</OPTION>
                         <OPTION VALUE="P. pacificus">P. pacificus</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. melanogaster">D. melanogaster</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. simulans">D. simulans</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. sechellia">D. sechellia</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. yakuba">D. yakuba</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. erecta">D. erecta</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. ananassae">D. ananassae</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. pseudoobscura">D. pseudoobscura</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. persimilis">D. persimilis</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. virilis">D. virilis</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. mojavensis">D. mojavensis</OPTION>
                         <OPTION VALUE="D. grimshawi">D. grimshawi</OPTION>
                         <OPTION VALUE="A. gambiae">A. gambiae</OPTION>
                         <OPTION VALUE="A. mellifera">A. mellifera</OPTION>
                         <OPTION VALUE="S. cerevisiae">S. cerevisiae</OPTION>
                         <OPTION VALUE="SARS">SARS</OPTION>
                         </SELECT>


            [NCBI_BLAST]
            confirm   = 1
            url       = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
            seq_label = QUERY
            PAGE      = Nucleotides
            PROGRAM   = blastn
            DATABASE  = nr
            CLIENT    = web
            CMD       = put

まとめ

  1. ネットインストーラーでのインストールはたいへん簡単。
  2. dev 版にはステキな機能がいっぱいある。
  3. 参考:Index.php/GBrowse Popup Balloons - GMOD
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