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2007-04-04

ORFの属性について任意の条件で選別し、配列のリストを取得

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ORFに付随している属性値(アノテーションなど)でフィルターできればいいので、biomart のようなものがあるといい。というか、biomart からデータにアクセスできるようにすればいいのか。そうしよう。

screenshot screenshot


BioMart をダウンロード

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BioMart 0.5 Documentation に従って martj と biomart-perl を checkout 。

% mkdir biomart
% cd biomart 
% cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login
% cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart co -r release-0_5 martj
% cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart co -r release-0_5 biomart-perl

martj をコンパイル。あっけなく完了。

% uname -mrs 
Darwin 8.9.1 i386
% ant jar
...
        BUILD SUCCESSFUL
Total time: 14 seconds

biomart-perl のインストール。

依存しているモジュールをインストールする。依存モジュールはBioMart 0.5 Documentation の1.4.1 にリストされている。

% sudo port install p5-xml-dom
% sudo port install p5-ole-storage_lite
% sudo port install p5-exception-class
% sudo port install p5-libwww-perl
% sudo port install p5-log-log4perl 
% sudo port install p5-test-exception
% sudo port install p5-dbd-mysql
% sudo port install p5-dbi 
% sudo port install p5-number-format
% sudo port install p5-template-toolkit
% sudo port install p5-cgi-session  

% sudo port install p5-list-moreutils
% sudo port install p5-spreadsheet-writeexcel
% sudo port install p5-io-compress-zlib

Readonly だけ Mac Ports になかったので CPAN から取得する。

screenshot

良い機会なので MacPorts の形でインストールしてみる。g:kdri:id:nakao_mitsuteru:20070404:making_of_macport_p5_readonly

必要な apache のモジュール

Mac OS X の標準の httpd を利用する。mod_gzip 入ってないがオプショナルなのでパス、mod_perlは入っていた。



MacPorts として p5-readonly をつくってみる

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404 Not Found で雰囲気をつかんで、p5-xml-dom の portfile を参考に p5-readonly の portfile を作成。

screenshot

p5-readonly/portfile

 # $Id: $
PortSystem        1.0
PortGroup         perl5 1.0
perl5.setup	  Readonly 1.03
maintainers       mn@kazusa.or.jp
description       a facility for creating non-modifiable scalars, arrays, \
                  and hashes.
long_description  Readonly.pm provides a facility for creating \
                  non-modifiable scalars, arrays, and hashes.
platforms	  darwin
homepage          http://search.cpan.org/~roode/Readonly-1.03/
checksums	  md5 0acef3a995ac9ecf575f66a726d638f4

インストール

% cd p5-readonly
% sudo port install

意外と簡単だった。