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KazusaAPI開発日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2007-02-09

gbrowse のセットアップ(1)

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主にゲノム配列データをあつかうために GBrowse を使うことに。チュートリアル を参考にして、設定を進めた。

データはまだつくっていないので、とりあえず CGI が動くようにする。

screenshot screenshot

gbrowse.conf/kazusa.conf 設定ファイル

サンプル設定ファイルからコピー。設定ファイル名が URL にそのまま使われる仕組みになっている。

% cd gbrowse.conf
% cp yeast_char1.conf kazusa.conf 

GBrowse はデータをスケールにあわせてファイル、Berkeleydb、MySQL で管理することができる。今回は、MySQL を使用する。

[GENERAL]
description   = Kazusa Genome Sequences
db_adaptor    = Bio::DB::GFF
db_args       = -adaptor dbi::mysql
	        -dsn     kazusa_genome_sequences
                -user    ikasumi

注:ユーザ名はフィクションです。

データの格納形式に MySQL を使用する理由のひとつは、ActiveRecord でデータをいじりたいからである。


MySQL

MySQL の設定については、チュートリアルの 23 章にある。データベースを作成して、管理ユーザとgbrowse用のユーザを作成する。

% mysql -uroot -p *****
mysql> CREATE DATABASE kazusa_genome_sequences;
mysql> GRANT ALL PRIVILLEGES ON kazusa_genome_sequences.* TO papa@localhost;
mysql> GRANT SELECT ON kazusa_genome_sequences.* TO ikasumi@localhost;
mysql> quit;

ここまで設定することによって、データが空っぽでも http://localhost/cgi-bin/gbrowse/kazusa/ でアクセスすると gbrowse の表示がでた。

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