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KazusaAPI開発日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2007-02-05

blast_hits と iprscan_matches

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リソースの分離のために、blastall -p blastp の検索結果や iprscan の検索結果をそれぞれ別のデータベースで管理することにした。そのためのアプリケーションの開発をはじめる。blast_hits アプリケーションは、blastall -p blastp の結果を格納する。iprscan_matches アプリケーションは、iprscan の検索結果を格納する。どちらのプログラムも問い合わせ配列に対して、データベースのエントリを位置情報やスコア付きで対応付けるので、管理や検索機能としては似た物になるだろう。

元データは検索プログラムの出力ファイルである。どちらの検索プログラムも BioRuby? でサポートされているので、扱いは容易い。

作業記録

$ rails blast_hits
$ mkdir blast_hits/data
$ rails iprscan_matches
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